Σημειώνεται ότι ο κ. Παπαγγελόπουλος κρίθηκε ένοχος από το Ειδικό Δικαστήριο για δυο παραβάσεις καθήκοντος. Η μία αφορούσε τις καταγγελίες της εισαγγελέως Ελένης Ράικου, ότι την πίεσε να στείλει δικογραφία με πολιτικούς, χωρίς στοιχεία, στη Βουλή για την υπόθεση της Novartis και η άλλη την καταγγελία του εισαγγελέα Παναγιώτη Αθανασίου ότι δέχθηκε παρεμβάσεις για υπόθεση του πρώην επικεφαλής της Τράπεζας Πειραιώς Μιχάλη Σάλλα. Ειδικότερα, ο κ. Παπαγγελόπουλος κρίθηκε ένοχος κατά πλειοψηφία για την πρώτη παράβαση με πλειοψηφία 7-6 και για τη δεύτερη με πλειοψηφία 8-5. Κατά πλειοψηφία 8-5 αθωώθηκε για την υπόθεση της εισαγγελέως Γεωργίας Τσατάνη και του δημοσιογράφου Γιώργου Παπαχρήστου, ενώ απαλλάχθηκε με πλειοψηφία 7-6 για τις υποθέσεις Βγενοπούλου και Αλαφούζου.
