Η 26η Σεπτεμβρίου επρόκειτο να είναι μία ημέρα-καμπή στις σχέσεις του Ιωάννη Καποδίστρια με την οικογένεια των Μαυρομιχαλαίων. Ύστερα από αρκετές αποτυχημένες προσπάθειες συμφιλίωσής τους, ο κυβερνήτης και ο Μανιάτης προύχοντας Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης δέχτηκαν να υποχωρήσουν στις απαιτήσεις τους και να συναντηθούν στη ναυαρχίδα του Ρώσου ναυάρχου Πιοτρ Ρίκορντ, προκειμένου να επιτύχουν έναν συμβιβασμό, ο οποίος θα ικανοποιούσε αμφότερες τις πλευρές. Ο Μαυρομιχάλης θα αναγνώριζε την ενοχή του στη διαμάχη του με τον Κερκυραίο πολιτικό και εκείνος ως αντάλλαγμα θα αμνήστευε τον ίδιο και την οικογένειά του για την αντιπολιτευτική τους δράση. Εντούτοις, η προσπάθεια συνδιαλλαγής των δύο ανδρών ναυάγησε.
Έχοντας επηρεαστεί από αντικυβερνητικά δημοσιεύματα στον διεθνή Τύπο, ο Καποδίστριας άλλαξε γνώμη και ακύρωσε τη συνάντησή του με τον Μαυρομιχάλη. Διέταξε, μάλιστα, την επιστροφή του γέροντα Μανιάτη στη φυλακή του Ιτς Καλέ. Οι συγγενείς του Πετρόμπεη, ο γιος του Γιωργάκης και ο αδερφός του Κωνσταντίνος, οι οποίοι βρίσκονταν σε περιορισμό στο Ναύπλιο, πληροφορήθηκαν από τον ίδιο την εξέλιξη των γεγονότων. Ξεχωριστό ενδιαφέρον έχει η αφήγηση του Καρλ Μένδελσων Βαρθόλδη στο βιβλίο του Ιστορία της Ελληνικής Επαναστάσεως (Αθήνα: Εκδόσεις Αν. Δ. Φέξη, 1894), σσ. 1219-1220:
«“Γεια σας, παιδιά!” εφώναξεν, όταν έστη υπό το παράθυρόν των, η δε φωνή του έτρεμεν εξ οργής και αγανακτήσεως. […] “Το βλέπετε!” απεκρίθη ο Πετρόμπεης μετά φωνής υποκώφου, πνιγόμενος υπό της λύσσης και δεικνύων τους φρουρούς του. Ούτοι απήγαγον αυτόν· αλλ’ ήρκεσαν αι ολίγαι λέξεις του αρχηγού της οικογενείας όπως εξάψωσιν αμφοτέρους εις το μη περαιτέρω, και καταστήσωσι καθήκον ιερώτατον την εκδίκησιν αυτών».
Μετά από την αποπομπή του στο κελί του στο Ιτς Καλέ, συναισθήματα οργής αλλά και απόγνωσης κατέκλυσαν τον Μαυρομιχάλη. Είχε πιστέψει ότι η δύσκολη περίοδος για την οικογένειά του επρόκειτο πολύ σύντομα να τελειώσει και πως ο ίδιος θα αναλάμβανε και πάλι υψηλά και τιμητικά αξιώματα στην ελεύθερη Ελλάδα. Η οικογένειά του είχε θυσιάσει πολλά μέλη κατά τη διάρκεια του Αγώνα, ο ίδιος μάλιστα είχε χάσει δύο γιους, τον πρωτότοκό του Ηλία και τον Ιωάννη, και τον αδερφό του Κυριακούλη. Μεγάλο μέρος της περιουσίας της οικογένειας είχε διατεθεί για τις ανάγκες του Αγώνα. Παράλληλα, είχαν μειωθεί δραματικά τα έσοδα για τη συντήρηση της πολυμελούς οικογένειας καθώς και για την τροφοδοσία και τον εξοπλισμό των στρατιωτικών σωμάτων, επί των οποίων οι Μαυρομιχαλαίοι ετίθεντο επικεφαλής. Ο Πετρόμπεης ήλπιζε να αναγνωριστούν από τον κυβερνήτη οι θυσίες της οικογένειάς του κατά τη διάρκεια της Επανάστασης και να ανταμειφθούν με κάποιον τρόπο τα μέλη της.
Οι σχέσεις του Πετρόμπεη με τον Καποδίστρια δεν υπήρξαν πάντοτε ψυχρές. Ο Πετρόμπεης τασσόταν από τα πρώτα χρόνια της Επανάστασης υπέρ της έλευσης του Καποδίστρια στην Ελλάδα. Τον Ιανουάριο του 1824 ως Πρόεδρος του Εκτελεστικού απέστειλε πρόσκληση στον Κερκυραίο ευπατρίδη να έρθει στην Ελλάδα προκειμένου να αναλάβει την πολιτική ηγεσία των Ελλήνων. «Μόνον η Εξοχότης σου δύναται να επιφέρη ευκταίαν μεταβολήν, να εμπνεύσης τον πατριωτισμόν, να ενισχύσης τον νόμον, και να στερεώσης την ανεξαρτησίαν του έθνους σου» ανέφερε χαρακτηριστικά ο Πετρόμπεης στην επιστολή του (Αρχείον Ιωάννου Καποδίστρια, τόμος Ζ΄, σσ. 246-248).
Οι σχέσεις των δύο ανδρών ψυχράνθηκαν όταν ο κυβερνήτης αρνήθηκε να ικανοποιήσει πλήρως τις απαιτήσεις οικονομικού χαρακτήρα των Μαυρομιχαλαίων, επικαλούμενος τα περιορισμένα έσοδα του ελληνικού κράτους και τη γενικότερη φτώχια των Ελλήνων. Παράλληλα, επιχείρησε να περιορίσει την ισχύ των Μαυρομιχαλαίων καθώς και πολλών άλλων προυχοντικών οικογενειών. Συν τω χρόνω, οι δύο πλευρές ήρθαν σε ρήξη. Πολλά μέλη της οικογένειας των Μαυρομιχαλαίων φυλακίστηκαν ή τέθηκαν σε περιορισμό. Ανάμεσά τους και ο ηγέτης της οικογένειας, ο Πετρόμπεης.
Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831, ο Ιωάννης Καποδίστριας, ακολουθώντας το συνηθισμένο κυριακάτικο πρόγραμμά του, ξεκίνησε για την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα στο Ναύπλιο για να παραστεί στη Θεία Λειτουργία. Κινούμενος προς την εκκλησία, αντίκρισε τον Γιωργάκη και τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη να στέκονται αριστερά και δεξιά της κεντρικής πύλης εμποδίζοντας την είσοδο στον ναό. Προς στιγμήν κοντοστάθηκε και θυμήθηκε τις προειδοποιήσεις των συνεργατών του σχετικά με τις φήμες πως ορισμένα στελέχη της αντιπολίτευσης σχεδίαζαν να τον δολοφονήσουν. Αποφάσισε, όμως, να μην οπισθοχωρήσει στη θέα των δύο ανδρών.
Όταν ο Καποδίστριας πλησίασε στην είσοδο του ναού, οι Μαυρομιχαλαίοι έκαναν την κίνησή τους. Ο Κωνσταντίνος πυροβόλησε τον άτυχο κυβερνήτη στο κεφάλι, ενώ ο Γεώργιος τον μαχαίρωσε στην κοιλιά. Ο θάνατος του Ιωάννη Καποδίστρια ήταν ακαριαίος. Η σωματοφυλακή του κυβερνήτη αντέδρασε και τραυμάτισε τον Κωνσταντίνο εμποδίζοντας τη διαφυγή του. Ο αδερφός του Πετρόμπεη υπέκυψε στα τραύματά του λίγο αργότερα, αφού πρώτα διαπομπεύτηκε από το εξαγριωμένο πλήθος. Ο Γιωργάκης πρόλαβε να ξεφύγει και βρήκε καταφύγιο στη γαλλική πρεσβεία. Υπό τον κίνδυνο εισβολής του μαινόμενου πλήθους στον χώρο της πρεσβείας, ο επικεφαλής της γαλλικής αποστολής Αχ. Ρουάν παρέδωσε τον γιο του Πετρόμπεη στις αρχές της πόλης. Λίγες ημέρες αργότερα, ο νεαρός Μαυρομιχάλης δικάστηκε και εκτελέστηκε, πληρώνοντας το τίμημα των πράξεών του
